[Mitarbeiter.zoologie] Fwd: Workshop on species tree estimation in Freiburg

Di Jan 7 10:46:08 CET 2020

Hi all,

Happy new year everyone.

In case this is relevant/interesting for some of you: there is a
phylogenomic workshop in Freiburg, free, 2.5 days, 28.2.-1.3.2020, guest
scientist is S. Mirabab (dev of ASTRAL)!

C u next monday,
Eckart

*Ankündigung eines Workshops zu phylogenomischen
Rekonstruktionsmethoden*

Liebe Zoologinnen und Zoologen,
liebe Mitglieder der Deutschen Zoologischen Gesellschaft,

Die Fachgruppe „Systematik, Biogeographie und Diversität“ wird vom *28. 
Februar – 1. März 2020* an der Universität Freiburg einen Workshop mit 
dem Thema „*The battle of species tree estimation – a coalescent-based 
approach or concatenation?* “ abhalten. Der Workshop legt besonderes 
Augenmerk auf die praktische Anwendung und bietet neben einigen 
Kurzvorträgen viel Raum und Zeit für praktische Übungen und Analysen 
selbst mitgebrachter oder zur Verfügung gestellter genomischer 
Datensätze. Als Gastredner und Lehrer konnten wir den internationalen 
Experten und Entwickler des ASTRAL-Algorithmus *Siavash Mirarab* 
(University of California, US) gewinnen.
Die Teilnehmerzahl ist auf 25 begrenzt, um eine effektive Betreuung 
während des Workshops gewährleisten zu können. Die Plätze werden nach 
dem „first come, first served“-Prinzip vergeben. Es wird keine 
Teilnahmegebühr erhoben, wobei Verpflegung und eventuell Unterkunft 
eigenverantwortlich übernommen werden müssen.

Informationen zum Workshop:
Die biologische Systematik ist heute stärker denn je durch die Analyse 
umfangreicher, molekularer Datensätze gekennzeichnet. Mit der 
zunehmenden Generierung und Verfügbarkeit von großen Sequenzdaten durch 
z.B. Genom- oder Transkriptomsequenzierungen, steht besonders der 
Bereich der phylogenetischen Systematik vor der Herausforderung 
traditionelle Analyseverfahren anzupassen. Der traditionelle Ansatz zur 
phylogenetischen Rekonstruktion ist die Analyse von Multi-Gen-Matrizen, 
bei denen verschiedene Loci zu einer einzigen Supermatrix kombiniert 
werden (concateniert). In den letzten Jahren wird dieser Ansatz jedoch 
verstärkt kontrovers diskutiert, da bei diesem Ansatz keine 
evolutionären Unterschiede zwischen den verschiedenen Loci 
berücksichtigt werden. Diese Annahme trifft jedoch nicht immer zu, z.B. 
aufgrund biologischer Prozesse wie Genduplikation und -verlust, 
horizontaler Gentransfer und incomplete lineage sorting (ILS). In diesem

Zusammenhang hat sich besonders in den letzten Jahren das multispecies 
coalescent (MSC) Modell als eine hoch effektive Methode zur Bewertung 
von Phylogenien herausgestellt, da es ancestrale Polymorphismen und 
Konflikte zwischen Art- und Genbäumen miteinbezieht. Da das 
Coaleszenz-Verfahren jedoch auch auf der Annahme basiert, dass der 
untersuchte Lokus immer eine Geschichte aufweist, dies jedoch aufgrund 
weit zurückliegender Aufspaltungsereignisse und / oder hoher 
Rekombinationsraten nicht immer der Fall ist, wird wiederum auch dieses 
Verfahren kritisch diskutiert. Folglich ist heutzutage die kritische 
Bewertung und Evaluation beider phylogenetischer 
Rekonstruktions-Methoden sowie deren resultierende Artstammbäume mehr 
denn je von enormer Bedeutung.
Während des 2 ½ -tägigen Workshops wird eine theoretische und praktische

Einführung in beide Rekonstruktions-Methoden gegeben, wobei die 
TeilnehmInnern eigene oder zur Verfügung gestellte reduzierte genomische

Datensätze bearbeiten sollen. Die unterschiedlichen Ansätze und die 
angewandten Methoden zur phylogenetischen Rekonstruktion werden 
abschließend diskutiert, verglichen und kritisch hinterfragt. Für die 
multispecies coalescent (MSC) Methode hat sich in den letzten Jahren 
ASTRAL (Accurate Species TRee ALgorithm), als bevorzugte und bewährte 
Methoden zur Abschätzung eines Artbaumes unter dem MSC Modell etabliert.

Einführung in die multispecies coalescent (MSC) Methode (ASTRAL-Pro, 
ASTRAL-MP), Analyse von Multi-Gen-Matrizen, Vorstellung von Methoden zur

Evaluation resultierender Stammbäume (z.B. quartet scores) werden von 
Siavash Mirarab (University of California, US), Sabrina Simon 
(Wageningen University, NL), Manuela Sann (Albert Ludwig University of 
Freiburg) und Karen Meusemann (Albert Ludwig University of Freiburg) 
gegeben.

Für die Teilnahme sind folgende Voraussetzungen notwendig: 
TeilnehmInnern müssen den eigenen Laptop für die Analysen mitbringen 
(bevorzugtes Betriebssystem ist Linux oder Mac OS). Abweichend bitten 
wir die TeilnehmerInnen eine virtuelle Maschine mit Ubuntu 18.04 (Bsp. 
VMWare or Virtual Box) vor dem Kurs zu installieren Es wird explizit 
erwünscht, dass die TeilnehmInnern eigene genomische Datensätze 
mitbringen (reduziert auf ca. 10 Gene und 10-20 Arten), um beide 
Methoden an den eigenen Daten anwenden zu können. Es können aber auch 
gestellte Beispieldatensets verwendet werden. Der Workshop wird in 
englischer Sprache stattfinden.

Anmeldung für den Workshop bitte bis zum *1. Februar 2020* bei 
systematik at dzg-ev.de <mailto:systematik at dzg-ev.de>

Wir freuen uns, euch beim Workshop zu sehen,
Sabrina Simon info at sabrina-simon.com <mailto:info at sabrina-simon.de>
Manuela Sann manuela.sann at biologie.uni-freiburg.de 
<mailto:manuela.sann at biologie.uni-freiburg.de>

Dear zoologists,
Dear members of the German Zoological Society,

The group "Systematics, Biogeography and Diversity" of the DZG will host

a workshop named "*The battle of species tree estimation - a 
coalescent-based approach or concatenation?*” from February *28th to 
March 1st 2020* at the University of Freiburg. The workshop pays 
particular attention to the practical application and comprises some 
short lectures. Time is reserved for practical exercises and genomic 
data analyses of your own or provided datasets. As guest speaker and 
teacher *Siavash Mirarab* (University of California, US), the 
international expert and developer of the ASTRAL algorithm, confirmed 
his attendance.
The number of participants is limited to 25 to ensure effective support 
during the workshop. The places will be allocated according to the 
"first come, first served" principle. No participation fee will be 
charged. Board and accommodation are at your own expenses.

Workshop information:
Nowadays, systematic studies are characterized by the analysis of large 
molecular data sets (phylogenomics). With the generation and increasing 
availability of large sequence data by e.g. genome or transcriptome 
sequencing efforts, phylogenetic systematics faces the challenge of 
adapting traditional analysis methods. The traditional phylogenomic 
approach is the analysis of multi-gene matrices, in which different loci

are combined into a single supermatrix (concatenation). In recent years,

this approach has been increasingly controversial discussed because it 
does not take into account biological processes such as gene duplication

and loss, horizontal gene transfer and incomplete lineage sorting (ILS).

In this context, the multispecies coalescent (MSC) model has proven to 
be a highly effective method for evaluating phylogenies, since it 
involves ancestral polymorphisms and conflicts between species and gene 
trees. However, since the coalescence method is also based on the 
assumption that the examined locus always has a history, but this is not

always the case due to far-reaching splitting events and / or high 
recombination rates, this method is again critically discussed. As a 
result, a critical evaluation of both phylogenetic reconstruction 
methods and their resulting phylogenetic relationships is more important

than ever.
During the 2½ day workshop, a theoretical and practical introduction to 
both reconstruction methods will be given, whereby the participants 
should work on their own or provided reduced genomic data sets. The 
different approaches and the methods used for phylogenetic 
reconstruction are then discussed, compared and critically examined. For

the multispecies coalescent (MSC) method, ASTAlgorithm) has been established in recent years as the preferred and 
proven method for estimating a species tree under the MSC model. Siavash

Mirarab (University of California, US), Sabrina Simon (Wageningen 
University, NL), Manuela Sann (Albert Ludwig University of Freiburg) and

Karen Meusemann (Albert Ludwig University) provide an introduction to 
the multispecies coalescent (MSC) method (ASTRAL-Pro, ASTRAL-MP), the 
analysis of multi-gene matrices, and methods for evaluating resulting 
family trees, e.g. quartet scores.

The following requirements are necessary for participation: Participants

must bring their own laptop for the analyses (preferred operating system

is Linux or Mac OS). Alternatively, we ask the participants to install a

virtual machine with Ubuntu 18.04 (e.g. VMWare or Virtual Box) ahead the

course. It is explicitly requested that the participants bring their own

genomic data sets (reduced to approx. 10 genes and 10-20 species). 
However, we will also provide sample datasets. The workshop will be held

in English.

Please register for the workshop by *February 1st, 2020* at 
systematik at dzg-ev.de <mailto:systematik at dzg-ev.de>

We look forward to seeing you at the workshop,
Sabrina Simon info at sabrina-simon.com <mailto:info at sabrina-simon.de>
Manuela Sann manuela.sann at biologie.uni-freiburg.de 
<mailto:manuela.sann at biologie.uni-freiburg.de>

-- 
Dr. Manuela Sann

Albert Ludwig University of Freiburg
Institute of Biology I (Zoology)
Evolutionary Biology and Ecology
Hauptstr. 1
79104 Freiburg
Germany

Tel.: 0761 / 203 - 2531
Email:systematik at dzg-ev.de
Email:manuela.sann at biologie.uni-freiburg.de

================================
Dr. Eckart Stolle
Institut für Biology
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Hoher Weg 8, 06120 Halle (Saale), Germany
eckart.stolle at zoologie.uni-halle.de
0049 345 55 26502
Fax 0049 345 55 27428
================================

-------------- nächster Teil --------------
Ein Dateianhang mit Binärdaten wurde abgetrennt...
Dateiname   : Aushang_ws01.pdf
Dateityp    : application/pdf
Dateigröße  : 358725 bytes
Beschreibung: Acrobat
URL         : <http://lists.uni-halle.de/pipermail/mitarbeiter.zoologie/attachments/20200107/bc9af94d/attachment-0001.pdf>