
<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=us-ascii"></head><body style="overflow-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">Dear All,<div><br></div><div>As many of you are undertaking genomic analyses, I send this around the entire group. It might be something to consider.</div><div><br></div><div>Robert</div><div><br id="lineBreakAtBeginningOfMessage"><div><br><blockquote type="cite"><div>Begin forwarded message:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>From: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;">evoldir@evol.biology.mcmaster.ca<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>Subject: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;"><b>Course: Online.PopGenLowCoverageWGS.Oct21-24</b><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>Date: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;">27 May 2024 at 06:12:21 CEST<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>To: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;">robert.paxton@zoologie.uni-halle.de<br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>Reply-To: </b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;"><info@physalia-courses.org><br></span></div><br><div><div><br><br>Dear all, <br>We are excited to announce that registrations are now open for<br>our upcoming online course (5th edition) "Population Genomic Inference<br>from Low-Coverage Whole-Genome Sequencing Data" taking place from<br>October 21-24.<br><br>Course website: (<br>https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/course64/ )<br>Course Overview: This course offers a cost-effective approach to<br>survey genome-wide variation at a population scale using low-coverage<br>sequencing. Participants will learn how to navigate the challenges of<br>high genotyping uncertainty through probabilistic frameworks, essential<br>for accurate population genomic inference. Key topics include: Workflows<br>centered around genotype likelihoods for whole-genome and reduced<br>representation studies.<br><br>Methods and algorithms in the ANGSD software package and related programs.<br><br>Best-practice guidelines for processing and analyzing low-coverage<br>sequencing data.<br><br>Target Audience: This course is ideal for researchers with experience in<br>next-generation sequencing (NGS) (e.g., exome, RAD, pooled sequencing)<br>who are interested in low-coverage whole-genome sequencing. It is also<br>suitable for those seeking an introduction to the ANGSD software and<br>its probabilistic framework.<br><br>Prerequisites: Participants should have a basic background in population<br>genomics and familiarity with NGS data. Knowledge of UNIX-based command<br>line and R is advantageous. Participants without prior experience in Unix<br>and R should complete suggested tutorials beforehand, as the course will<br>not cover these environments in detail.<br><br>Course Outcomes: By the end of the course, participants will: Understand<br>the use of whole-genome sequencing for population genomics.<br><br>Recognize the challenges and statistical frameworks of low-coverage<br>sequencing data.<br><br>Be able to build bioinformatic pipelines for various population genomic<br>analyses using ANGSD/ngsTools/Atlas.<br><br>Teaching Format: The course includes interactive lectures, small<br>exercises, and longer independent practical sessions each day. Data for<br>exercises will be provided.<br><br>Best regards, Carlo<br><br><br>Carlo Pecoraro, Ph.D<br>Physalia-courses DIRECTOR<br>info@physalia-courses.org<br>mobile: +49 17645230846<br><br><br><br>"info@physalia-courses.org" <info@physalia-courses.org><br><br>(to subscribe/unsubscribe the EvolDir send mail to<br>golding@mcmaster.ca<mailto:golding@mcmaster.ca>)<br><br><br></div></div></blockquote></div><br>

<br></div></body></html>